Il S.A.E. è organizzato in modo democratico. Gli organi direttivi (presidente, comitato esecutivo, consiglio dei gruppi locali, responsabili locali) vengono eletti dai soci.

I gruppi locali condividono metodi e intenti dell'Associazione e sono autonomi nella programmazione ed effettuazione delle loro attività.

Laici cattolici, evangelici, anglicani, ortodossi ed ebrei costituiscono i membri effettivi dell'associazione; preti, pastori e religiosi vi aderiscono come amici.

L'associazione è affiancata da consulenti e da un comitato di esperti formato da biblisti e teologi; i membri di entrambi gli organismi provengono da varie confessioni cristiane.

Nell'ambito del S.A.E. si sono costituiti gruppi misti di lavoro per la ricerca teologica, la catechesi ecumenica e i matrimoni interconfessionali; è tuttora in attività il Gruppo Teologico, composto da teologi cattolici, evangelici e ortodossi..

Il S.A.E. è autonomo sia nelle sue strutture che dal punto di vista economico. Responsabili e collaboratori sono volontari. Vive, in massima parte, grazie al sostegno delle quote associative.